【00年】
清水市商高 3-2 前橋商高
[清]秋本倫孝(12分)、小林秀崇(16分)、山口健(44分)
[前]竹渕基樹2(40分、73分)
※清水商高が5年ぶりV!決勝ではMF小林大悟(現スタベイク)ら攻撃陣が爆発した

【01年】
国見高 1-0 F東京U-18
[国]平山相太(84分)
※FW平山相太(現F東京)の決勝弾で国見高(長崎)が初V!国見の平山やDF渡邉大剛(現京都)、F東京U-18のMF梶山陽平(現F東京)、FW李忠成(現柏)らそうそうたるメンバーが出場

【02年】
国見高 4-2 星稜高
[国]兵藤慎剛(29分)、O.G(42分)、浜本拓哉(43分)、綱田大志(62分)
[星]田中俊也(63分)、作田晃一(78分)
※MF兵藤慎剛(現横浜FM)、MF中村北斗(現F東京)、DF巻佑樹(現名古屋)らを擁した国見高がFW豊田陽平(現京都)、MF本田圭佑(現VVV)らの星稜高(石川)を破り、2連覇

【03年】
市立船橋高 1-0 静岡学園高
[市]カレン・ロバート(31分)
※雨中の決勝はFWカレン・ロバート(現磐田)の決勝弾で市立船橋高(千葉)が1-0で勝利!シュート17本を放たれながらもDF増嶋竜也(現京都)中心の守備陣が守りきった。DF小林祐三(現柏)、MF狩野健太(現横浜FM)らを擁した静学は惜しくも準V

【04年】(埼玉)
広島ユース 1-0 磐田ユース
[広]前田俊介(58分)
※FW前田俊介(現大分)の決勝弾で優勝した広島ユースが日本CY選手権に続く2冠を達成。広島ユースMF柏木陽介(現広島)、DF槙野智章、磐田ユースMF上田康太(現磐田)ら決勝出場の計16選手がJリーガーに

【05年】
東京Vユース 4-1 札幌U-18
[東]征矢智和2(62分、77分)、エルサムニー・オサマ2(76分、83分)
[札]岡揚一(52分)
※15歳で得点王に輝いたFW征矢智和(現流通経済大)とFWエルサムニー・オサマ(現FKテプリツェ)がそれぞれ2得点を決め東京Vユースが初優勝。MF藤田征也、MF西大伍(ともに現札幌)を擁し北海道勢初の決勝進出を果たした札幌U-18は準V

【06年】
滝川二高 3-0 名古屋U-18
[滝]森本健太(19分)、多田高行(80分)、友定晃大(87分)
※中距離からの思い切ったシュートで得点を重ねた滝川二高(兵庫)が初V。滝川二高MF金崎夢生、GK清水圭介はその後大分入り。名古屋U-18はMF吉田麻也ら計5人がその後トップチームへ昇格している

【07年】
流通経済大柏高 1-0 広島ユース
[流]小島聖矢(52分)
※大会得点王、FW大前元紀(現清水)のラストパスから決勝点を決めた流通経済大柏高(千葉)が初の日本一に輝いた。流通経済大柏高は続く全国高校選手権、08年全国高校総体も優勝

【08年】
浦和ユース 9-1 名古屋U-18
[浦]山田直輝3(4分、76分、89分)、オウンゴール(16分)、原口元気(23分)、田仲智紀(43分=FK)、阪野豊史(44分)、高橋峻希2(51分、70分)
[名]奥村情(39分)
※大会得点王に輝いたMF山田直輝のハットトリックの活躍やMF原口元気、MF高橋峻希(全て現浦和)のゴールなどで得点を重ねた浦和ユースが、決勝戦史上最多となる9ゴールを決め9-1で大勝、初優勝を飾った。