第33回日本クラブユース選手権準決勝でFC東京U-18(関東)とセレッソ大阪U-18(関西)が決勝進出。両チームはすでにプリンスリーグ(U-18)関東、関西で上位に入り、それぞれ全日本ユース(U-18)選手権出場権を獲得しているため、関東8位のジェフユナイテッド千葉U-18(千葉)と関西3位の大阪桐蔭高(大阪)がそれぞれ繰上げで全日本ユース選手権の出場権を獲得した。
　同大会の出場チームは全24チーム中22が決定。残り2チームは全国高校総体準決勝(8月7日)終了後に決定する。

全日本ユース選手権出場チームは以下の通り。
【全国大会上位枠】
▼日本クラブユース選手権(U-18)
F東京U-18
C大阪U-18

▼全国高校総体
1.未定
2.未定

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【プリンスリーグ枠】
▼北海道
1.札幌U-18

▼東北
1.青森山田高(青森)

▼関東
※1.F東京U-18(東京)
2.三菱養和SCユース(東京)
3.横浜FMユース(神奈川)
4.東京Vユース(東京)
5.桐光学園高(神奈川)
6.流通経済大柏高(千葉)
7.浦和ユース(埼玉)
8.千葉U-18(千葉)
※F東京U-18が日本クラブユース選手権決勝進出したため、出場枠1増枠

▼北信越
1.星稜高(石川)

▼東海
1.磐田ユース(静岡)
2.静岡学園高(静岡)
3.藤枝明誠高(静岡)

▼関西
1.神戸ユース(兵庫)
※2.C大阪U-18(大阪)
3.大阪桐蔭高(大阪)
※C大阪U-18が日本クラブユース選手権決勝進出したため、出場枠1増枠

▼中国
1.広島ユース(広島)
2.広島観音高(広島)

▼四国
1.愛媛ユース(愛媛)

▼九州
1.東福岡高(福岡)
2.大分U-18(大分)

【特設】JFAプリンスリーグ(U-18)2009
高校サッカー・全日本ユース2009