【90年】
清水市商高 2-0 習志野高
[清]興津大三(65分)、望月重良(88分)
※MF名波浩(元磐田)、DF大岩剛(現鹿島)ら擁する清水市商高(現清水商)が初代王者に!

【91年】
徳島市立高 1-0 国見高
[徳]吉成浩司(44分)
※GK本田征治(現草津)擁する徳島市立高が初の日本一に

【92年】
藤枝東高 3-1 読売クラブユース
[藤]小山淳2(9分、84分)、安藤達也(47分)
[読]財前宣之(59分)
※MF山田暢久(現浦和)中心の藤枝東高がMF菅原智(現東京V)、MF財前宣之(現山形)らを擁する相手を下し、初V!

【93年】
清水市商高 1-0(延長) 鹿児島実高
[清]佐藤由紀彦(99分)
※清水市商高はGK川口能活(現磐田)、DF田中誠(現福岡)ら鉄壁の守備陣が4試合中3試合を完封。3年ぶり優勝

【94年】
清水市商高 3-1 読売クラブユース
[清]佐藤由紀彦2(31分、46分)、藤元大輔(50分)
[読]星川敬(14分)
※MF佐藤由紀彦(現Vファーレン長崎)2発!!清水市商が大会2連覇!

【95年】
清水市商高 5-0 横浜Mユース
[清]小林久晃2(5分、21分)、藤元大輔2(9分、85分)、松本有生(88分)
※1年生MF小野伸二(現ボーフム)が日本一獲得に貢献。清水商高は大会3連覇

【96年】
鹿児島実高 5-1 東福岡高
[鹿]山下一弥(2分)、有村誠2(41分、75分)、安田和樹(89分)
[東]植木亨(63分)
※MF田ノ上信也(元仙台)ら中心の鹿児島実高が九州対決制し初優勝!

【97年】
東福岡高 3-2 清水市商高
[東]古賀誠史2(3分、71分)、本山雅志(31分)
[清]小野伸二(16分)、上原豪(89分)
※DF本山雅志(現鹿島)、MF古賀誠史(現神戸)、DF千代反田充(現新潟)らメンバーの半数以上が現役Jリーガーという東福岡高が初V

【98年】
藤枝東高 3-2 G大阪ユース
[藤]鷲巣延圭(19分)、佐賀一平(82分)、河村優(85分)
[G]大黒将志(31分)、大黒聡(58分)
※FW大黒将志(現東京V)、MF二川孝広(現G大阪)ら中心に初Vを目指したG大阪ユースは逆転負け。藤枝東高が6年ぶりV!

【99年】
磐田ユース 4-1 平塚ユース
[磐]柴田潤一郎2(21分、82分)、小野田光(31分)、村山祐介(60分)
[平]田辺和彦(57分)
※DF村山祐介(現大宮)らを擁した磐田ユースが4試合2失点で初V