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1回戦
3月6日(水)
愛媛 3-4 (延長) 長崎 [ニンスタ]
北九州 1-0 (延長) 大分 [ミクスタ]
宮崎 1-4 岡山 [いちご]
群馬 4-1 (延長) 相模原 [正田スタ]
琉球 2-1 藤枝 [タピスタ]
讃岐 0-2 秋田 [ピカスタ]
YS横浜 1-0 水戸 [ニッパツ]
沼津 3-2 仙台 [愛鷹]
鹿児島 1-0 千葉 [白波スタ]
3月13日(水)
岩手 1-0 栃木 [いわスタ]
八戸 0-0 (PK5-3) 金沢 [プラスタ]
長野 5-1 徳島 [長野U]
福島 1-2 熊本 [とうスタ]
FC大阪 0-2 いわき [花園]
岐阜 1-2 大宮 [長良川]
富山 2-1 (延長) 山形 [富山]
松本 3-3 (PK4-3) 山口 [サンアル]

2回戦
4月17日(水)
岩手 0-1 C大阪 [いわスタ]
八戸 1-2 (延長) 鹿島 [プラスタ]
鹿児島 0-1 東京V [白波スタ]
長崎 1-0 磐田 [トラスタ]
北九州 1-2 町田 [ミクスタ]
大宮 0-2 名古屋 [NACK]
今治 1-2 (延長) 神戸 [里山S]
松本 1-1 (PK2-4) 福岡 [サンアル]
いわき 0-2 新潟 [ハワスタ]
YS横浜 0-4 FC東京 [ニッパツ]
沼津 1-3 札幌 [愛鷹]
4月24日(水)
群馬 1-3 柏 [正田スタ]
長野 3-2 (延長) 京都 [長野U]
熊本 0-1 鳥栖 [えがおS]
秋田 2-1 (延長) 湘南 [ソユスタ]
岡山 3-3 (PK3-5) 横浜FC [Cスタ]
奈良 0-6 広島 [ロートF]
富山 0-0 (PK6-5) 清水 [富山]
琉球 2-1 G大阪 [タピスタ]
鳥取 2-5 浦和 [Axis]

3回戦
5月22日(水)
長野 1-1 (PK3-5) 札幌 [長野U]
琉球 0-1 C大阪 [タピスタ]
秋田 0-2 (延長) 新潟 [ソユスタ]
柏 2-1 福岡 [三協F柏]
東京V 2-3 広島 [味スタ]
町田 2-0 鹿島 [Gスタ]
横浜FC 1-3 名古屋 [ニッパツ]
富山 1-1 (PK5-4) 神戸 [富山]
鳥栖 1-1 (PK4-5) FC東京 [駅スタ]
長崎 1-0 浦和 [トラスタ]

プレーオフラウンド第1戦
6月5日(水)
C大阪 1-3 町田 [ヨドコウ]
新潟 2-1 長崎 [デンカS]
柏 1-1 名古屋 [三協F柏]
FC東京 1-2 広島 [味スタ]
札幌 1-1 富山 [札幌ド]

プレーオフラウンド第2戦
6月9日(日)
町田 2-2 C大阪 [Gスタ]
富山 1-2 札幌 [富山]
名古屋 1-0 柏 [豊田ス]
長崎 1-1 新潟 [トラスタ]
広島 3-1 FC東京 [Eピース]

準々決勝第1戦
9月4日(水)
名古屋 0-1 広島 [豊田ス]
新潟 5-0 町田 [デンカS]
横浜FM 6-1 札幌 [ニッパツ]
川崎F 1-0 甲府 [U等々力]

準々決勝第2戦
9月8日(日)
札幌 3-1 横浜FM [札幌ド]
町田 2-0 新潟 [Gスタ]
甲府 1-1 川崎F [JITス]
広島 1-2 (PK1-3) 名古屋 [Eピース]

準決勝第1戦
10月9日(水)
横浜FM 1-3 名古屋 [日産ス]
新潟 4-1 川崎F [デンカS]

準決勝第2戦
10月13日(日)
名古屋 1-2 横浜FM [豊田ス]
川崎F 0-2 新潟 [U等々力]

決勝
11月2日(土)
名古屋 3-3 (PK5-4) 新潟 [国立]
99月99日(土)
未定 vs 未定 []