1回戦
5月25日(土)
栃木シティ 1-0 武蔵野 [栃木グ]
相模原 3-0 山梨学院大PEGASUS [レモンS]
金沢 1-1 (PK3-4) 甲南大 [ゴースタ]
岐阜 1-0 沼津 [長良川球]
奈良 3-2 京都産業大 [ロートF]
東海大熊本 0-4 三菱重工長崎 [水前寺]
宮崎 4-0 川副クラブ [いちご]
ソニー仙台 3-1 tonan前橋 [めぐみB]
5月26日(日)
FC徳島 0-1 (延長) ジェイリースFC [鳴門大塚]
鹿屋体育大 0-3 北九州 [OSAKO]
高知ユナイテッド 1-0 ベルガロッソいわみ [春野球]
福山シティFC 3-0 沖縄SV [Eピース]
三菱水島FC 3-4 (延長) 讃岐 [福山]
鳥取 1-1 (PK3-4) FCバレイン下関 [Axis]
アルテリーヴォ和歌山 1-2 JAPANサッカーカレッジ [紀三井寺]
びわこ成蹊スポーツ大 0-1 中京大 [HATOスタ]
福井ユナイテッド 0-3 大宮 [福井テクノ]
富山 3-0 関西大 [高岡]
長野 7-0 猿田興業 [サンアル]
筑波大 1-0 明治大 [Ksスタ]
ヴィアティン三重 1-0 今治 [ラピスタ]
福島 9-0 大山サッカークラブ [Jヴィレッジ]
岩手 3-1 北海道十勝スカイアース [いわスタ]
八戸 2-0 浦安 [プラスタ]

2回戦
6月12日(水)
町田 1-1 (PK2-4) 筑波大 [Gスタ]
広島 11-2 FCバレイン下関 [福山]
名古屋 0-1 JAPANサッカーカレッジ [豊田ス]
東京V 5-0 長野 [味フィ西]
磐田 1-2 宮崎 [ヤマハ]
横浜FM 2-2 (PK5-4) 岐阜 [長良川陸]
京都 2-0 大宮 [たけびし]
G大阪 3-0 福島 [パナスタ]
C大阪 3-1 ジェイリースFC [ヨドコウ]
神戸 2-0 富山 [ノエスタ]
岡山 1-7 愛媛 [Cスタ]
徳島 1-0 仙台 [鳴門大塚]
福岡 8-0 福山シティFC [ベススタ]
鳥栖 2-1 高知ユナイテッド [駅スタ]
長崎 3-2 讃岐 [トラスタ]
熊本 1-2 水戸 [えがおS]
大分 1-0 鹿児島 [レゾド]
藤枝 2-0 栃木 [藤枝サ]
山形 3-2 相模原 [NDスタ]
清水 9-0 三菱重工長崎 [アイスタ]
札幌 3-1 栃木シティ [札幌ド]
秋田 0-2 いわき [ソユスタ]
鹿島 2-1 奈良 [カシマ]
群馬 1-1 (PK2-3) 山口 [正田スタ]
千葉 2-1 中京大 [フクアリ]
柏 2-0 岩手 [三協F柏]
FC東京 3-0 ヴィアティン三重 [味スタ]
川崎F 2-0 ソニー仙台 [U等々力]
横浜FC 2-1 (延長) 八戸 [ニッパツ]
湘南 3-1 甲南大 [レモンS]
甲府 2-0 Honda FC [JITス]
新潟 4-4 (PK3-1) 北九州 [デンカS]

3回戦
7月10日(水)
鳥栖 3-1 横浜FC [ニッパツ]
神戸 2-0 徳島 [鳴門大塚]
京都 3-1 清水 [アイスタ]
広島 4-0 いわき [ハワスタ]
G大阪 2-1 宮崎 [いちご]
川崎F 1-3 大分 [レゾド]
新潟 1-6 長崎 [トラスタ]
福岡 0-2 愛媛 [ニンスタ]
鹿島 2-1 藤枝 [藤枝サ]
湘南 1-0 東京V [レモンS]
柏 2-1 (延長) 筑波大 [三協F柏]
FC東京 1-2 (延長) 千葉 [フクアリ]
横浜FM 2-2 (PK5-4) 水戸 [Ksスタ]
札幌 6-3 山形 [NDスタ]
C大阪 1-2 (延長) 甲府 [JITス]
7月17日(水)
JAPANサッカーカレッジ 0-3 山口 [みらスタ]

4回戦
8月21日(水)
鳥栖 0-2 山口 [みらスタ]
京都 2-0 大分 [レゾド]
長崎 2-3 横浜FM [トラスタ]
広島 2-0 愛媛 [ニンスタ]
G大阪 3-2 湘南 [パナスタ]
甲府 1-2 鹿島 [JITス]
柏 0-1 神戸 [三協F柏]
千葉 1-0 札幌 [フクアリ]

準々決勝
9月11日(水)
広島 1-2 G大阪 [Eピース]
9月18日(水)
京都 3-0 千葉 [フクアリ]
9月25日(水)
横浜FM 5-1 山口 [ニッパツ]
鹿島 0-3 神戸 [ノエスタ]

準決勝
10月27日(日)
横浜FM 13:05 G大阪 [パナスタ]
神戸 15:00 京都 [ノエスタ]

決勝
11月23日(土)
未定 14:00 未定 [国立]