1回戦
5月24日(土)
水戸 0-1 相模原 [Ksスタ]
仙台大 2-4 東洋大 [めぐみB]
ヴェロスクロノス都農 2-1 鳥取 [いちご]
Brew SAGA 2-1 イロンデル熊本FC [SAGAスタ]
愛媛 1-0 三菱重工長崎 [ニンスタ]
京都産業大 3-1 守山侍2000 [たけびし]
岐阜 3-1 富山新庄クラブ [新日本球]
栃木SC 5-0 大山サッカークラブ [栃木グ]
奈良 3-1 (延長) 新潟医療福祉大 [ロートF]
讃岐 2-2 (PK4-5) 高知 [ピカスタ]
5月25日(日)
今治 0-2 鹿児島 [アシさと]
沖縄SV 4-1 ヴェルスパ大分 [沖縄県陸]
大分 2-0 レベニロッソNC [クラド]
ベルガロッソいわみ 0-1 北九州 [出雲浜山]
FCバレイン下関 2-1 (延長) 環太平洋大FC [SV下関]
福山シティFC 2-1 FC徳島 [Eピース]
アルテリーヴォ和歌山 4-3 FC BASARA HYOGO [紀三井寺]
ヴィアティン三重 1-0 山梨学院大PEGASUS [三交鈴鹿]
金沢 6-0 中京大 [ゴースタ]
富山 2-1 順天堂大 [高岡]
松本 2-1 (延長) FC大阪 [サンアル]
群馬 1-0 法政大 [アース群馬サ]
福島 9-1 東京国際大 [とうスタ]
岩手 6-0 ノースアジア大 [いわスタ]
ラインメール青森 5-0 BTOP北海道 [プラスタ]
福井ユナイテッド 1-0 Honda FC [福井テクノ]
大宮 0-1 筑波大 [NACK]

2回戦
6月11日(水)
広島 3-1 Brew SAGA [福山]
徳島 2-1 山口 [鳴門大塚]
名古屋 3-0 ヴェロスクロノス都農 [豊田ス]
横浜FM 0-2 ラインメール青森 [ニッパツ]
町田 2-1 京都産業大 [Gスタ]
長崎 2-1 筑波大 [ピースタ]
鳥栖 1-0 愛媛 [駅スタ]
福岡 2-0 沖縄SV [ベススタ]
岡山 0-2 北九州 [JFEス]
神戸 4-1 高知 [ノエスタ]
C大阪 4-0 アルテリーヴォ和歌山 [ヨドコウ]
京都 1-0 奈良 [サンガS]
藤枝 2-0 FCバレイン下関 [藤枝サ]
磐田 1-2 相模原 [ヤマハ]
清水 4-2 松本 [アイスタ]
甲府 2-1 福井ユナイテッド [JITス]
湘南 1-0 岐阜 [レモンS]
川崎F 4-3 福島 [U等々力]
東京V 3-1 栃木SC [味スタ]
柏 0-2 (延長) 東洋大 [三協F柏]
千葉 1-1 (PK4-5) 熊本 [フクアリ]
鹿島 4-0 群馬 [カシマ]
いわき 1-2 秋田 [ハワスタ]
山形 2-1 鹿児島 [NDスタ]
仙台 0-1 富山 [Qスタ]
新潟 1-0 (延長) 福山シティFC [デンカS]
6月18日(水)
横浜FC 2-1 岩手 [ニッパツ]
札幌 19:00 大分 [プレド]
G大阪 2-1 ヴィアティン三重 [パナスタ]
FC東京 3-1 金沢 [味スタ]

3回戦
7月16日(水)
ラインメール青森 1-2 秋田 [プラスタ]
C大阪 2-0 徳島 [鳴門大塚]
FC東京 2-0 大分 [クラド]
名古屋 2-1 熊本 [えがおS]
鹿島 2-1 長崎 [ピースタ]
東京V 1-0 鳥栖 [駅スタ]
福岡 0-0 (PK4-2) 北九州 [ベススタ]
町田 2-1 富山 [富山]
京都 3-3 (PK4-3) 横浜FC [サンガS]
新潟 1-2 東洋大 [デンカS]
神戸 2-1 (延長) 甲府 [JITス]
湘南 0-1 (延長) 清水 [レモンS]
川崎F 0-0 (PK1-3) 相模原 [U等々力]
G大阪 4-4 (PK3-4) 山形 [NDスタ]
広島 5-2 藤枝 [藤枝サ]

4回戦
8月6日(水)
町田 1-0 京都 [Gスタ]
FC東京 2-1 C大阪 [ヨドコウ]
広島 3-0 清水 [Eピース]
鹿島 3-2 (延長) 福岡 [メルスタ]
神戸 2-1 (延長) 東洋大 [ノエスタ]
相模原 2-1 (延長) 秋田 [レモンS]
山形 1-2 浦和 [NDスタ]
8月13日(水)
東京V 1-2 名古屋 [味スタ]

準々決勝
8月27日(水)
町田 3-0 鹿島 [Gスタ]
名古屋 2-4 広島 [豊田ス]
FC東京 2-1 浦和 [埼玉]
相模原 1-1 (PK2-4) 神戸 [レモンS]

準決勝
11月16日(日)
町田 2-0 (延長) FC東京 [国立]
神戸 2-0 広島 [パナスタ]

決勝
11月22日(土)
町田 3-1 神戸 [国立]