1回戦
5月26日(土)
長野 3-2 新潟医療福祉大 [長野U]
福井ユナイテッド 2-3 中京大 [福井テクノ]
奈良 2-0 金沢星稜大 [ならでん]
アルテリーヴォ和歌山 2-3 Honda FC [紀三井寺]
多度津FC 2-2 (PK4-2) 東海大熊本 [香川サ]
高知ユナイテッド 2-0 三菱水島FC [春野陸]
作新学院大 3-3 (PK8-9) ラインメール青森 [栃木グ]
いわき 1-2 ソニー仙台 [いわきグリーンフィールド]
FC大阪 3-0 周南公立大 [金鳥スタ]
琉球 1-1 (PK5-6) 今治 [沖縄県陸]
5月27日(日)
福岡大 1-0 FC徳島 [レベスタ]
鹿児島 3-0 長崎総合科学大 [白波スタ]
Brew KASHIMA 0-3 宮崎 [佐賀陸]
SRC広島 0-4 FC神楽しまね [福山]
鳥取 1-1 (PK4-2) ヴェルスパ大分 [とりスタ]
鈴鹿ポイントゲッターズ 0-1 関西学院大 [上野競]
富山 1-0 おこしやす京都 [高岡]
YS横浜 3-2 東京国際大FC [BMWス]
群馬 2-1 駒澤大 [群馬サ]
NK可児 0-3 レイラック滋賀FC [長良川球]
流経大ドラゴンズ 2-0 山形大 [カシマ]
秋田 0-1 VONDS市原 [秋田陸]
岩手 1-2 流通経済大 [いわスタ]
北海道教育大岩見沢校 1-1 (PK5-4) 韮崎アストロス [札幌厚別]

2回戦
6月6日(水)
広島 2-0 鳥取 [福山]
甲府 3-1 流通経済大 [中銀スタ]
新潟 0-0 (PK5-3) 高知ユナイテッド [デンカS]
松本 1-1 (PK5-4) 熊本 [松本]
磐田 3-2 (延長) 中京大 [ヤマハ]
名古屋 1-1 (PK7-6) 奈良 [パロ瑞穂]
京都 1-3 (延長) 金沢 [西京極]
G大阪 1-2 (延長) 関西学院大 [吹田S]
C大阪 1-0 宮崎 [金鳥スタ]
神戸 3-0 福岡大 [ノエスタ]
岡山 0-1 (延長) 町田 [Cスタ]
徳島 1-0 栃木 [鳴門大塚]
鳥栖 7-0 多度津FC [ベアスタ]
長崎 2-1 (延長) FC神楽しまね [長崎市]
大分 1-2 山口 [みらスタ]
清水 1-0 今治 [アイスタ]
湘南 1-0 北海道教育大岩見沢校 [BMWス]
横浜FC 2-0 讃岐 [ピカスタ]
札幌 2-1 レイラック滋賀FC [札幌厚別]
仙台 4-0 群馬 [ユアスタ]
山形 2-2 (PK4-2) 岐阜 [NDスタ]
鹿島 6-1 Honda FC [カシマ]
水戸 1-0 愛媛 [Ksスタ]
浦和 3-0 YS横浜 [浦和駒場]
大宮 1-0 長野 [NACK]
柏 6-0 VONDS市原 [三協F柏]
千葉 2-2 (PK5-4) ラインメール青森 [フクアリ]
FC東京 4-2 流経大ドラゴンズ [味スタ]
東京V 2-2 富山 [味フィ西]
川崎F 3-2 ソニー仙台 [等々力]
横浜FM 4-3 FC大阪 [ニッパツ]
福岡 1-0 鹿児島 [レベスタ]

3回戦
7月11日(水)
鹿島 5-1 町田 [町田]
札幌 4-0 福岡 [レベスタ]
磐田 4-1 山口 [みらスタ]
清水 0-1 甲府 [中銀スタ]
C大阪 3-0 金沢 [石川西部]
関西学院大 0-1 東京V [味フィ西]
浦和 2-1 松本 [松本]
仙台 1-0 大宮 [NACK]
FC東京 3-1 新潟 [デンカS]
柏 1-2 山形 [NDスタ]
神戸 6-1 千葉 [フクアリ]
鳥栖 3-1 徳島 [鳴門大塚]
湘南 1-1 (PK4-3) 長崎 [BMWス]
川崎F 1-1 (PK4-2) 水戸 [Ks水戸]
横浜FM 2-1 (延長) 横浜FC [ニッパツ]
8月22日(水)
広島 4-1 (延長) 名古屋 [Eスタ]

4回戦
8月22日(水)
横浜FM 2-3 仙台 [ニッパツ]
C大阪 0-1 (延長) 甲府 [中銀スタ]
浦和 1-0 東京V [熊谷陸]
山形 1-1 (PK7-6) FC東京 [NDスタ]
鳥栖 3-0 神戸 [ベアスタ]
川崎F 3-1 湘南 [等々力]
9月26日(水)
鹿島 2-0 (延長) 広島 [カシマ]
磐田 4-2 札幌 [ヤマハ]

準々決勝
10月24日(水)
浦和 2-0 鳥栖 [熊谷陸]
磐田 1-1 (PK3-4) 仙台 [ヤマハ]
川崎F 2-3 山形 [NDスタ]
11月21日(水)
鹿島 1-0 甲府 [中銀スタ]

準決勝
12月5日(水)
浦和 1-0 鹿島 [カシマ]
仙台 3-2 山形 [ユアスタ]

決勝
12月9日(日)
浦和 1-0 仙台 [埼玉]