1回戦
9月16日(水)
ラインメール青森 2-1 札幌大 [プラスタ]
tonan前橋 2-3 VONDS市原 [群馬サ]
いわき 4-0 大山サッカークラブ [Jヴィレッジ]
金沢星稜大 1-2 富山新庄クラブ [金沢市民]
奈良 1-0 おこしやす京都 [太陽が丘]
武蔵野 3-3 (PK5-4) 栃木シティ [味フィ西]
鹿屋体育大 1-0 沖縄SV [国分多]
Cento Cuore HARIMA 1-1 (PK2-4) レイラック滋賀FC [三木陸]
EVインテルナシオナル 0-4 MD長崎 [佐賀陸]
ヴェルスパ大分 2-2 (PK5-4) 宮崎 [昭和電ド]
熊本県教員蹴友団 0-0 (PK1-3) 福岡大 [えがお]
Yonago Genki SC 0-5 FC神楽しまね [Axis]
マルヤス岡崎 3-2 アトレチコ鈴鹿クラブ [パロ瑞穂]
桐蔭横浜大 4-2 山梨学院大PEGASUS [BMWス]
筑波大 2-0 東京国際大 [ひたちなか]
ソニー仙台 3-0 猿田興業 [ユアスタ]

2回戦
9月23日(水)
三菱水島FC 1-0 (延長) FC神楽しまね [みよし陸]
いわき 0-3 ラインメール青森 [Jヴィレッジ]
FC徳島 5-0 松山大 [春野陸]
VONDS市原 2-3 (延長) 武蔵野 [オリプリ]
新潟医療福祉大 3-0 アルティスタ浅間 [新発田陸]
福岡大 1-4 (延長) 鹿屋体育大 [国分陸]
アルテリーヴォ和歌山 1-0 レイラック滋賀FC [紀三井寺]
長良クラブ 0-4 マルヤス岡崎 [長良川陸]
筑波大 4-3 桐蔭横浜大 [ひたちなか市総合]
MD長崎 0-2 ヴェルスパ大分 [トラスタ]
高知ユナイテッド 2-1 高松大 [春野陸]
Honda FC 2-1 常葉大 [エコパ]
福井ユナイテッド 2-1 (延長) 富山新庄クラブ [福井テクノ]
富士大 3-2 ソニー仙台 [Qスタ]
ティアモ枚方 1-0 奈良 [ヤンマーフィー]
9月30日(水)
福山シティFC 1-0 FCバレイン下関 [広島一球]

3回戦
10月28日(水)
福山シティFC 2-0 三菱水島FC [みよし陸]
Honda FC 1-0 マルヤス岡崎 [エコパ]
新潟医療福祉大 0-2 福井ユナイテッド [福井テクノ]
鹿屋体育大 1-2 ヴェルスパ大分 [えがおS]
アルテリーヴォ和歌山 3-2 (延長) ティアモ枚方 [ヤンマー]
筑波大 3-2 (延長) 武蔵野 [Ksスタ]
富士大 1-2 ラインメール青森 [Qスタ]
11月11日(水)
高知ユナイテッド 2-1 FC徳島 [ピカスタ]

4回戦
12月13日(日)
福井ユナイテッド 2-1 (延長) ラインメール青森 [福井テクノ]
ヴェルスパ大分 0-1 Honda FC [大分陸]
福山シティFC 2-1 アルテリーヴォ和歌山 [広島一球]
筑波大 3-2 (延長) 高知ユナイテッド [カシマ]

5回戦
12月20日(日)
福井ユナイテッド 0-3 福山シティFC [広島一球]
Honda FC 2-1 筑波大 [エコパ]

準々決勝
12月23日(水)
秋田 3-1 福山シティFC [ユアスタ]
徳島 3-0 Honda FC [ノエスタ]

準決勝
12月27日(日)
川崎F 2-0 秋田 [等々力]
G大阪 2-0 徳島 [パナスタ]

決勝
1月1日(金)
川崎F 1-0 G大阪 [国立]