1回戦
5月22日(土)
熊本 3-0 日本文理大 [えがおS]
愛媛 1-2 今治 [ニンスタ]
ミネベアミツミ 5-0 川副クラブ [ユニスタ]
三菱水島FC 3-1 FCバレイン下関 [Cスタ]
アルテリーヴォ和歌山 3-3 (PK4-5) おこしやす京都 [紀三井寺]
岐阜 0-2 Honda FC [長良川球]
長野 3-1 (延長) 新潟医療福祉大FC [長野U]
相模原 3-1 駒澤大 [レモンS]
流通経済大 2-3 YS横浜 [ひたちなか]
いわき 2-2 (PK2-4) ソニー仙台 [いわきGF]
山口 1-1 (PK2-4) ヴェルスパ大分 [みらスタ]
5月23日(日)
富山 8-0 FC北陸 [高岡]
鹿児島 4-0 MD長崎 [OSAKO]
福岡大 1-3 (延長) 沖縄SV [ベススタ]
福山シティFC 2-1 FC神楽しまね [広島一球]
鳥取 4-1 FC徳島 [Axis]
ポルベニル飛鳥 0-2 FC大阪 [ロートF]
びわこ成蹊スポーツ大 0-2 関西学院大 [東近江]
鈴鹿ポイントゲッターズ 2-1 FC刈谷 [三交鈴鹿]
福井ユナイテッド 2-1 アヴェントゥーラ川口 [福井テクノ]
秋田 1-1 (PK8-9) 北海道十勝スカイアース [ソユスタ]
岩手 13-0 大山サッカークラブ [いわスタ]
八戸 13-0 猿田興業 [プラスタ]
高知ユナイテッド 1-0 讃岐 [宿毛陸]
5月26日(水)
栃木シティ 9-0 韮崎アストロス [栃木グ]
6月5日(土)
tonan前橋 1-6 順天堂大 [アース群馬サ]

2回戦
6月9日(水)
京都 3-1 今治 [たけびし]
FC東京 1-2 (延長) 順天堂大 [味フィ西]
柏 3-0 栃木シティ [三協F柏]
C大阪 2-0 鳥取 [ヨドコウ]
札幌 5-3 ソニー仙台 [札幌厚別]
横浜FM 2-2 (PK3-5) Honda FC [ニッパツ]
北九州 0-1 相模原 [ミクスタ]
千葉 1-0 大宮 [フクアリ]
川崎F 1-1 (PK4-3) 長野 [等々力]
名古屋 5-0 三菱水島FC [長良川陸]
福岡 6-0 鹿児島 [ベススタ]
鳥栖 1-0 熊本 [駅スタ]
仙台 0-1 岩手 [ユアスタ]
山形 1-2 ヴェルスパ大分 [NDスタ]
大分 3-2 (延長) ミネベアミツミ [昭和電ド]
長崎 2-0 沖縄SV [トラスタ]
栃木 2-0 町田 [栃木グ]
徳島 2-1 高知ユナイテッド [鳴門大塚]
水戸 0-3 群馬 [Ksスタ]
磐田 3-0 北海道十勝スカイアース [ヤマハ]
清水 1-0 福山シティFC [アイスタ]
新潟 4-1 金沢 [デンカS]
松本 1-0 琉球 [サンアル]
甲府 1-2 福井ユナイテッド [JITス]
湘南 0-0 (PK4-3) FC大阪 [レモンS]
浦和 1-0 富山 [浦和駒場]
6月16日(水)
東京V 0-1 岡山 [味フィ西]
横浜FC 1-2 八戸 [ニッパツ]
神戸 4-0 鈴鹿ポイントゲッターズ [ノエスタ]
G大阪 3-1 関西学院大 [パナスタ]
広島 1-5 おこしやす京都 [Eスタ]
鹿島 8-1 YS横浜 [Ksスタ]

3回戦
7月7日(水)
札幌 1-2 長崎 [トラスタ]
柏 1-2 京都 [三協F柏]
神戸 1-0 徳島 [ノエスタ]
清水 2-1 岩手 [いわスタ]
Honda FC 1-4 磐田 [ヤマハ]
大分 2-0 福井ユナイテッド [福井テクノ]
鳥栖 1-0 福岡 [駅スタ]
八戸 1-2 (延長) 湘南 [レモンS]
浦和 1-0 相模原 [浦和駒場]
順天堂大 2-3 (延長) 群馬 [正田スタ]
鹿島 3-0 栃木 [カンセキ]
おこしやす京都 1-3 ヴェルスパ大分 [昭和電ド]
7月21日(水)
川崎F 1-1 (PK4-3) 千葉 [フクアリ]
8月2日(月)
名古屋 1-0 岡山 [名古屋港]
8月4日(水)
C大阪 3-2 新潟 [ヨドコウ]
8月18日(水)
G大阪 2-0 (延長) 松本 [パナスタ]

4回戦
8月18日(水)
群馬 1-2 (延長) 大分 [正田スタ]
C大阪 1-0 鳥栖 [ヨドコウ]
名古屋 1-0 神戸 [豊田ス]
京都 0-1 浦和 [たけびし]
鹿島 3-1 長崎 [トラスタ]
ヴェルスパ大分 0-1 (延長) 磐田 [昭和電ド]
川崎F 2-1 清水 [アイスタ]
9月22日(水)
G大阪 4-1 湘南 [パナスタ]

準々決勝
10月27日(水)
川崎F 3-1 鹿島 [等々力]
名古屋 0-3 C大阪 [豊田ス]
G大阪 0-2 浦和 [パナスタ]
磐田 0-2 大分 [エコパ]

準決勝
12月12日(日)
川崎F 1-1 (PK4-5) 大分 [等々力]
浦和 2-0 C大阪 [埼玉]

決勝
12月19日(日)
浦和 2-1 大分 [国立]