1回戦
5月21日(土)
今治 1-4 沖縄SV [ニンスタ]
札幌大 1-0 山梨学院大PEGASUS [札幌厚別]
ソニー仙台 3-1 東京国際大FC [めぐみA]
福島 7-1 ノースアジア大 [とうスタ]
ヴェルフェ矢板 7-0 長井クラブ [栃木グ]
松本 3-2 北陸大 [サンアル]
岐阜 3-2 中京大 [長良川球]
アルテリーヴォ和歌山 2-4 関西大 [紀三井寺]
ミネベアミツミ 3-0 マリーゴールド熊本 [ユニスタ]
5月22日(日)
Brew KASHIMA 0-2 高知ユナイテッド [駅スタ]
鹿児島 3-1 北九州 [白波スタ]
MD長崎 1-2 FC神楽しまね [長崎市]
福山シティFC 3-2 FC徳島 [Eスタ]
鳥取 0-4 ヴェルスパ大分 [Axis]
レイラック滋賀FC 1-2 (延長) IPU・環太平洋大 [東近江]
奈良 0-1 (延長) Honda FC [ロートF]
福井ユナイテッド 0-1 同志社大 [福井テクノ]
富山 1-0 藤枝 [高岡]
桐蔭横浜大 1-0 立正大 [レモンS]
アトレチコ鈴鹿クラブ 3-0 Cento Cuore HARIMA [三交鈴鹿]
上武大 0-1 富士大 [アース群馬サ]
筑波大 2-2 (PK5-3) 浦安 [ひたちなか]
八戸 0-1 新潟医療福祉大 [プラスタ]
高松大 0-3 周南公立大 [ピカスタ]

2回戦
6月1日(水)
甲府 5-1 IPU・環太平洋大 [JITス]
湘南 3-0 ヴェルフェ矢板 [レモンS]
神戸 3-2 富山 [ノエスタ]
川崎F 5-0 札幌大 [等々力]
広島 2-0 ミネベアミツミ [福山]
名古屋 2-0 同志社大 [パロ瑞穂ラ]
磐田 5-2 松本 [ヤマハ]
G大阪 4-2 (延長) 岐阜 [パナスタ]
C大阪 3-1 関西大 [ヨドコウ]
岡山 0-1 栃木 [Cスタ]
徳島 2-1 福山シティFC [鳴門大塚]
福岡 3-0 沖縄SV [ベススタ]
鳥栖 1-0 ヴェルスパ大分 [駅スタ]
長崎 1-0 鹿児島 [トラスタ]
大分 3-0 FC神楽しまね [昭和電ド]
琉球 1-4 大宮 [タピスタ]
京都 3-1 (延長) 高知ユナイテッド [たけびし]
新潟 1-4 熊本 [デンカS]
横浜FM 3-0 アトレチコ鈴鹿クラブ [ニッパツ]
町田 1-3 岩手 [Gスタ]
東京V 2-1 秋田 [味スタ]
柏 1-0 筑波大 [三協F柏]
千葉 1-2 金沢 [フクアリ]
浦和 1-0 福島 [浦和駒場]
水戸 1-2 (延長) 山口 [Ksスタ]
鹿島 2-1 新潟医療福祉大 [カシマ]
山形 1-3 群馬 [NDスタ]
仙台 2-1 Honda FC [ユアスタ]
清水 8-0 周南公立大 [アイスタ]
6月8日(水)
札幌 4-3 (延長) 桐蔭横浜大 [札幌厚別]
FC東京 2-0 富士大 [味スタ]
横浜FC 3-3 (PK3-1) ソニー仙台 [ニッパツ]

3回戦
6月22日(水)
札幌 1-2 甲府 [JITス]
福岡 3-1 岩手 [いわスタ]
湘南 0-1 磐田 [レモンS]
C大阪 3-2 仙台 [ユアスタ]
横浜FM 0-2 栃木 [カンセキ]
浦和 0-1 群馬 [正田スタ]
鹿島 3-0 大宮 [NACK]
川崎F 0-1 東京V [等々力]
広島 5-0 横浜FC [ニッパツ]
名古屋 1-0 金沢 [石川西部]
清水 0-1 京都 [アイスタ]
神戸 2-1 山口 [みらスタ]
柏 2-1 徳島 [鳴門大塚]
FC東京 2-3 (延長) 長崎 [トラスタ]
鳥栖 3-2 熊本 [えがおS]
G大阪 3-1 大分 [昭和電ド]

4回戦
7月13日(水)
鳥栖 1-3 甲府 [JITス]
名古屋 1-2 C大阪 [ヨドコウ]
鹿島 2-0 G大阪 [カシマ]
栃木 1-2 京都 [カンセキ]
群馬 0-1 広島 [正田スタ]
神戸 2-1 柏 [ノエスタ]
福岡 2-0 長崎 [トラスタ]
7月20日(水)
東京V 2-1 (延長) 磐田 [味スタ]

準々決勝
9月7日(水)
C大阪 1-2 広島 [ヨドコウ]
福岡 1-2 (延長) 甲府 [ベススタ]
神戸 0-1 鹿島 [ノエスタ]
京都 2-1 東京V [味スタ]

準決勝
10月5日(水)
甲府 1-0 鹿島 [カシマ]
京都 1-2 (延長) 広島 [サンガS]

決勝
10月16日(日)
甲府 1-1 (PK5-4) 広島 [日産ス]