1回戦
5月20日(土)
栃木シティ 4-1 (延長) マルヤス岡崎 [栃木グ]
長野 2-0 AS.Laranja Kyoto [サンアル]
岐阜 2-1 新潟医療福祉大 [長良川球]
アルテリーヴォ和歌山 1-3 関西大 [紀三井寺]
宮崎 3-0 東海大熊本 [ユニスタ]
福島 4-0 ノースアジア大 [とうスタ]
讃岐 2-1 Brew KASHIMA [ピカスタ]
5月21日(日)
ヴェルスパ大分 2-1 (延長) FCバレイン下関 [レゾサA]
ベルガロッソいわみ 1-2 (延長) 高知ユナイテッド [出雲浜山]
琉球 2-1 三菱水島FC [タピスタ]
北九州 2-2 (PK4-1) 鹿児島 [ミクスタ]
今治 1-0 三菱重工長崎 [ニンスタ]
SRC広島 1-3 FC徳島 [福山]
奈良 0-1 Honda FC [ロートF]
ヴィアティン三重 2-0 鳥取 [三交鈴鹿]
レイラック滋賀FC 2-1 (延長) 沼津 [HATOスタ]
富山 2-1 北陸大 [高岡]
相模原 2-1 (延長) 東京国際大FC [レモンS]
福井ユナイテッド 0-1 Cento Cuore HARIMA [福井テクノ]
浦安 3-2 筑波大 [オリプリ]
tonan前橋 3-4 山梨学院大PEGASUS [アース群馬サ]
岩手 4-0 クリアソン新宿 [いわスタ]
八戸 2-3 (延長) ソニー仙台 [プラスタ]
BTOP北海道 7-0 山形大医学部 [札幌厚別]

2回戦
6月7日(水)
東京V 2-1 群馬 [味フィ西]
広島 5-0 FC徳島 [福山]
金沢 2-3 町田 [石川西部]
清水 1-2 (延長) 岐阜 [アイスタ]
磐田 2-0 讃岐 [ヤマハ]
京都 2-2 (PK9-10) 富山 [たけびし]
G大阪 1-2 高知ユナイテッド [パナスタ]
C大阪 5-0 Cento Cuore HARIMA [ヨドコウ]
岡山 2-1 北九州 [Cスタ]
徳島 2-1 (延長) いわき [鳴門大塚]
福岡 2-0 今治 [ベススタ]
鳥栖 5-1 宮崎 [駅スタ]
長崎 0-1 甲府 [トラスタ]
大分 0-1 ヴェルスパ大分 [レゾド]
名古屋 3-2 ヴィアティン三重 [パロ瑞穂ラ]
湘南 6-1 BTOP北海道 [レモンS]
新潟 1-0 レイラック滋賀FC [デンカS]
札幌 3-0 相模原 [札幌厚別]
仙台 1-0 藤枝 [ユアスタ]
秋田 1-2 栃木 [ソユスタ]
山形 1-0 ソニー仙台 [NDスタ]
鹿島 3-0 Honda FC [カシマ]
水戸 1-0 山口 [Ksスタ]
千葉 0-1 大宮 [フクアリ]
柏 7-1 山梨学院大PEGASUS [三協F柏]
FC東京 3-1 福島 [味スタ]
川崎F 3-1 栃木シティ [等々力]
横浜FM 2-0 浦安 [ニッパツ]
浦和 1-0 (延長) 関西大 [浦和駒場]
6月14日(水)
神戸 3-1 長野 [ノエスタ]
6月21日(水)
横浜FC 4-1 岩手 [ニッパツ]
熊本 2-2 (PK5-4) 琉球 [えがおS]

3回戦
7月12日(水)
横浜FM 1-4 町田 [Gスタ]
札幌 5-2 ヴェルスパ大分 [レゾド]
鳥栖 3-4 (延長) 熊本 [駅スタ]
高知ユナイテッド 1-0 横浜FC [春野陸]
柏 2-0 徳島 [鳴門大塚]
湘南 2-0 岡山 [Cスタ]
C大阪 3-1 大宮 [ヨドコウ]
神戸 5-2 磐田 [ヤマハ]
福岡 2-1 (延長) 岐阜 [長良川陸]
鹿島 1-1 (PK10-11) 甲府 [JITス]
FC東京 1-1 (PK9-8) 東京V [味スタ]
広島 0-2 栃木 [カンセキ]
川崎F 2-1 水戸 [Ksスタ]
浦和 1-0 山形 [NDスタ]
名古屋 1-1 (PK5-4) 仙台 [CSア港]
7月19日(水)
富山 3-4 (延長) 新潟 [富山]

4回戦
8月2日(水)
町田 0-1 新潟 [Gスタ]
C大阪 1-1 (PK4-5) 湘南 [ヨドコウ]
FC東京 0-2 熊本 [えがおS]
川崎F 1-0 高知ユナイテッド [春野陸]
名古屋 3-0 浦和 [CSア港]
甲府 1-4 神戸 [JITス]
柏 1-0 札幌 [三協F柏]
栃木 2-4 (延長) 福岡 [カンセキ]

準々決勝
8月30日(水)
柏 2-0 名古屋 [三協F柏]
新潟 2-2 (PK3-4) 川崎F [デンカS]
福岡 3-1 湘南 [ベススタ]
熊本 1-1 (PK4-3) 神戸 [えがおS]

準決勝
10月8日(日)
熊本 0-4 柏 [三協F柏]
川崎F 4-2 福岡 [等々力]

決勝
12月9日(土)
川崎F 0-0 (PK8-7) 柏 [国立]