3月16日に開幕するJFLが大会方式の変更を1月20日に発表した。15年から2ステージ制を復活させるJリーグに先立ち、来季から2ステージ制を導入することになった。

　14クラブによる1回戦総当たりのファーストステージとセカンドステージが行われ、まずはステージの優勝チームが決定する。その後、それぞれの優勝チームによるチャンピオンシップ(ホーム&アウェー形式)が行われ、年間王者を決定することになった。なお、両ステージの優勝チームが同じ場合はチャンピオンシップを行わないこととなっている。

　J3発足にともない、JFLも変革のときを迎えている。カマタマーレ讃岐がJ2昇格を果たし、昨季王者のAC長野パルセイロを含めた9クラブがJ3に入会するため、昨季在籍した18クラブの内、半分以上のクラブがJFLを去ることになった。新シーズンもJFLで戦う既存8クラブに、ファジアーノ岡山ネクスト、鹿児島ユナイテッドFC、ヴァンラーレ八戸、アスルクラロ沼津、FCマルヤス岡崎、レノファ山口FCの参入6チームを加えた全14クラブが、2ステージ制が導入された新シーズンの覇権を争う。

　なおファーストステージは3月16日(第1節)～6月8日(第13節)、セカンドステージは7月19日(第1節)～11月9日(第13節)の期間で開催され、チャンピオンシップは11月下旬に行われる予定だ。