2012-13年シーズンの欧州CL予選3回戦の組み合わせ抽選が20日に行われた。予選3回戦は第1戦が7月31日と8月1日、第2戦が8月7日と8日に行われ、2試合合計での勝者は欧州CLプレーオフへ進出し、敗者はヨーロッパリーグ(EL)のプレーオフへ回る。

【国内優勝チーム予選】
(NKマリボルvsNKジェレズニチャルの勝者) vs(F91デュドランジュvsFCザルツブルクの勝者)
(FC BATEボリソフvsFKバルダールの勝者)vs(KSスカンデルベウvsデブレツェニVSCの勝者)
CFR 1907クルージュvs(FCスロバン・リベレツvsFCシャフテル・カラガンディーの勝者)
RSCアンデルレヒトvs(シャムロック・ローバーズFCvsFKエクラナスの勝者)
(FKブドゥチノスト・ポドゴリツァvsスロンスク・ウロツワフの勝者)vs(ザ・ニュー・セインツFCvsヘルシンボリIFの勝者)
(ユリセスFCvsFCシェリフの勝者)vs(PFCルドゴレツ・ラズグラドvsGNKディナモ・ザグレブの勝者)
セルティックFCvs(HJKヘルシンキvsKRレイキャビクの勝者)
(モルデFKvsFKベンツピルスの勝者)vs( FCフローラ・タリンvsFCバーゼル1893の勝者)
MSKジリナvsハポエル・キリアト・シェモナFCの勝者)vs(ネフツチPFKvsFCゼスタポニの勝者)
(AELリマソルFCvsリンフィールドFCの勝者 )vs(バレッタFCvsFKパルチザンの勝者)

【国内上位チーム予選】
フェネルバフチェSKvsFCバスルイ
マザーウェルFCvsパナシナイコスFC
FCコペンハーゲンvsクラブ・ブリュージュKV
FCディナモ・キエフvsフェイエノールト